中国科技大学北京校友会于1993年正式注册成立，但早在1986年即有活动。据中国科大大事记记载：北京校友会创办于1986年，首任荣誉会长为严济慈先生（中国科大第二任校长、全国人大常委会副委员长）。中国科大校长、校友总会会长侯建国院士曾在2011年底说：北京校友会“分舵历史比总舵还长”（校友总会直到1996年才成立）

陈昊苏（原北京市副市长，陈毅之子）、赵忠贤、张云岗（中科院秘书长）等中国科大第一代毕业生是校友会主力。在通信条件尚不完备的年代。王云生等校友会骨干，骑自行车环绕北京城，寻找校友，逐个登记在案。这些努力保证了北京校友会团结起，在科研院所（特别是中科院、北大、清华）与政府机关的数千名校友的联络。每年组织活动，并开始吸引了陈佳等企业界年轻校友加入。2012年，北京校友会聘请黄培堂、王炽昌、颜基义、王运生、郭绳武等五位资深校友担任名誉理事，表彰他们对校友会早期成长的贡献。

北京校友会的宗旨是：在母校指导下，为校友服务；通过联谊和交流活动，加强校友与母校及海外校友之间的联系；团结科大校友，共同为母校的建设与发展、为北京地区的科技进步与社会发、为祖国构建全面小康的社会主义和谐社会贡献力量；我会遵守宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚。

我会自成立至今在中共市委统战部及市民政局社团办关心指导下自始至终秉承宗旨，不断扩展服务范围和途径，加强与政府和会员间的沟通，充分发挥我会优势，加强信息和技术交流，树立积极参与社会建设、社会管理的意识，得到了主管部门和会员单位的认可和支持。