北京校友会的组织机构是会员大会、理事会、常务理事会和监事会。理事会和监事会成员的产生，按民主集中制原则，经各方酝酿协商，由选举产生。会员代表大会是本团体的最高权力机构，每届五年。

北京校友会于2012年1月15日召开了第五届会员代表大会。会员代表大会经过书面投票表决，以234票赞成、1票弃权，选举产生了第五届理事会、监事会，圆满完成了换届工作。

经选举产生，理事69人，常务理事21人，监事3人。监事会由马扬、吴雪筠、沈春华3人，马扬任监事长。